Para comparar dos fuentes de una misma obra y así corregir erratas o detectar si se trata de la misma versión, es recomendable usar programas como Beyond Compare.
El truco consiste en convertir ambas a texto plano y compararlas con Beyond Compare (u otro programa similar) con la opción de comparar texto.
El método para convertir el ePub a texto plano es el siguiente:
Al principio puede costar un poquillo más, pero enseguida se va aprendiendo a manejar las posibilidades de Beyond Compare (alineando textos, actualizando los txt, etc) y a hacer sustituciones masivas según se detecten algunas erratas o diferencias sistemáticas (por ejemplo las acentuaciones de «solo», usos de comillas, etc.).
Por ejemplo, una cosa interesante que podemos hacer es controlar las erratas típicas que se solucionan con las expresiones regulares. Con ellas, podemos hacer sustituciones masivas que aunque no sean del todo correctas, si se hacen en ambos txt, tendremos la gran ventaja de que se salten esas diferencias. Un ejemplo sería el de las comillas, cambiando todas por ".
El resultado final es un ePub muy depurado de erratas y de gran calidad.