José María de Allende y Unzaga, el primer heredero de la casa de Zubiete, nunca tomó posesión de ella, por lo que pasó directamente a Manuela de Allende y la Puente, Nela, quien no se volvió a casar y murió sin descendencia. La siguiente heredera de la casa fue su sobrina, Francisca de Allende y Mendibil, tal y como había previsto Manuela en su testamento. El hijo de ésta, Manuel Gallarreta Allende, vendió la casa y heredad de sus antepasados a José de Otaola y Urruchi el 17 de enero de 1831.
La madrugada del 16 de septiembre de 1810 Ignacio de Allende, Miguel Hidalgo y Juan de Aldama iniciaron el movimiento de Independencia y Libertad que terminaría con la Nueva España. A la cabeza de un Regimiento que encaminó sus pasos hacia San Miguel el Grande, surgía la Patria Nueva, la Patria Mexicana.
El Capitán del Regimiento de Dragones Provinciales de la Reina, don Ignacio de Allende, fue el primer instigador de la Independencia Nacional de México. Avivó la llama de la patria, reivindicó la herencia de los criollos, y luchó por la liberación mientras tuvo un hálito de vida. A su lado conspiraron y lucharon otros insurgentes: sus hermanos Domingo y José de Allende, Juan e Ignacio de Aldama, Mariano Abasolo, Francisco de Lanzagorta, Luis Malo…
El 26 de junio de 1811, en la villa de Chihuahua, Ignacio de Allende murió fusilado por las fuerzas militares realistas junto a su amigo de toda la vida, Juan de Aldama. Sus cabezas serían trasladarlas y exhibidas públicamente, con las de Miguel Hidalgo y José Mariano Jiménez, en los cuatro ángulos de la Alhóndiga de Granaditas, en Guanajuato. No fue hasta el 28 de marzo de 1821, diez años después, cuando les bajaron de aquel escenario en lo alto para descansar finalmente en suelo santo.
La villa que entonces se llamara San Miguel el Grande, lleva con honor y gloria, desde el 8 de marzo de 1826, el nombre de San Miguel de Allende.