Hisam II (976-1009) gobernó en medio de las intrigas cortesanas, entre altos funcionarios que rivalizaban por el poder. El que se impuso a todos ellos fue Almanzor, un miembro de la pequeña nobleza que empezó su carrera palatina de simple escribiente, aprovechando que tenía buena caligrafía (cualidad que se aprecia sobremanera en el islam), y fue escalando puestos en la administración desde subsecretarías como la de director de la Fábrica de Moneda, hasta ministerios como el del Tesoro.
Es probable que su meteórica ascensión debiera también algo a su amistad con la esposa favorita del califa, la bella Subh, la navarra.
Almanzor gobernó prácticamente como rey absoluto relegando al joven, piadoso y algo bobo Hisam II al papel de mero comparsa. Como todo dictador, aspiró a dejar perpetua memoria de su paso en un monumento imperecedero que pregonara su grandeza. Construyó una nueva ciudad palaciega y administrativa, Madinat al-Zahira, totalmente innecesaria puesto que ya existía Madinat al-Zahra, cuya belleza y excelencia intentó, en vano, eclipsar.
La verdadera vocación de Almanzor (título que significa «el victorioso») fue la militar. No solo frenó el avance de los cristianos del norte, sino que los sangró durante veinte años con cerca de cincuenta expediciones que asolaron la tierra enemiga desde Galicia a Barcelona. El esfuerzo dejó extenuada a Córdoba, como esos países que invierten en armas un porcentaje excesivo de su producto interior bruto y a la larga quiebran y quedan exhaustos. La otra consecuencia fue que el reino de León, repetidamente asolado por ataques casi anuales, no volvió a levantar cabeza, mientras que Castilla, que socialmente estaba más preparada para vivir en pie de guerra, no sufrió tanta merma.
La más célebre expedición de Almanzor destruyó Santiago de Compostela, el verano de 997. Fue una afrenta a la cristiandad toda porque el sepulcro del apóstol se había convertido ya en un famoso centro de peregrinación. Almanzor expolió las campanas de la basílica y las envió a Córdoba a hombros de cautivos para que sirvieran de lámparas en la mezquita. Tres siglos después cambiaron las tornas y Fernando III conquistó Córdoba y lo primero que hizo fue restituir las campanas a Santiago, esta vez a hombros de cautivos musulmanes.
En el año 1002 Almanzor, ya anciano, enfermó y tuvo que interrumpir su campaña anual. Su estado se agravó rápidamente y expiró a los pocos días en la plaza fronteriza de Medinaceli. La famosa batalla de Calatañazor, donde los cristianos derrotaron al moro, es enteramente imaginaria. Solo empieza a mencionarse dos siglos más tarde para demostrar que el profanador de Santiago no quedó sin castigo.