La Universidad de Salamanca era un centro de estudios y un foro de conocimiento de indudable significación desde hacía siglos. Pasaron por Salamanca importantes figuras de la cultura como el Brocense, Nebrija, que imprimió allí su Gramática de 1492, Vitoria, Suárez, fray Luis de León, Beatriz Galindo, Hernán Cortés y Cristóbal Colón, que discutió sus proyectos en el convento de San Esteban.
En junio de 1600 visitaron Salamanca los reyes Felipe III y doña Margarita de Austria. Esta última manifestó gran interés por la ciudad y bajo su patrocinio se inició en 1617 la construcción del colegio real de la Compañía de Jesús, uno de los más bellos y suntuosos edificios barrocos de España, dedicado hoy a albergar la Universidad Pontificia. Para documentarme sobre la solemnidad con que se asentó la primera piedra del edificio me serví de una carta enviada inmediatamente después del suceso al padre general desde Salamanca. Se trata de un documento anónimo, muy explícito, que se conserva entre las cartas anuas de Castilla del año 1617 y que recoge el tomo Castellana. Historia 1576-1640. En el archivo de Simancas hay también un interesante documento al respecto: el folio 113 de Fundatio Collegiorum, 1584-1671. En la Biblioteca de la Universidad de Salamanca hay una copia de la carta enviada por el rey Felipe III el 23 de octubre de 1616 expresando su deseo de cumplir la voluntad de la reina Margarita y construir de nueva planta el colegio de la Compañía.
Ya en el siglo XVII, Pedro de Ledesma y Francisco Suárez hacen una valiente defensa de la predicación pacífica a los indios. Y los teólogos carmelitas llamados Salmanticenses, se preguntan también si la Iglesia o los príncipes cristianos en su nombre, pueden obligar a los indios a oír la fe. Responden negativamente, considerando que creer es siempre voluntario, y en conciencia nadie puede obligarlos a oír los sermones. Citan a Valencia y Salmerón como defensores de la sentencia negativa: no se les puede obligar a oír la predicación.
Estas doctrinas calaron profundamente en muchos misioneros que estudiaron en Salamanca y partieron a las Indias convencidos de que debían replantear seriamente todo lo que allí se había hecho.