En muchos lugares, la principal riqueza que encontraron los españoles fueron sus habitantes, y enseguida procedieron a tomar posesión de ella. Se repartieron a los indios para hacerles trabajar en la construcción de puentes, caminos y roturación de los terrenos. A esta distribución de la mano de obra que comenzó de modo espontáneo y automático se la denominó «repartimiento». Pero dio lugar a tales abusos que pronto la Corona lo consideró incompatible con la misión que se había fijado de proteger y evangelizar a los indios. Se instituyó entonces un nuevo sistema al que se llamó la «encomienda» y que prevaleció desde las leyes de Burgos de 1512. Era ahora la autoridad española la que repartía la mano de obra india entre los colonos, quedando éstos obligados a la protección y evangelización de los indios. Pero este «servicio personal» terminó siendo similar al anterior y produjo iguales o mayores abusos.
Religiosos humanitarios como Bartolomé de las Casas alzaron pronto su voz contra los encomenderos, crueles señores de indios, y la Corona promulgó las llamadas Leyes Nuevas de 1542; el primer intento serio de abolir las encomiendas. Estas disposiciones chocaron frontalmente con los intereses de los colonos españoles y provocaron protestas, disturbios, motines y hasta una verdadera guerra civil en Perú (rebelión de Gonzalo Pizarro de 1544 a 1548, con asesinato del virrey Núñez Vela y ejecución de Pizarro y otros cabecillas). La llamada «cuestión de los servicios personales» siguió encendida durante décadas y, aunque los reyes dictaban severas normas para proteger a los naturales, en las Indias estas leyes se pasaban por alto y no se obedecían.
Abolida la esclavitud y prohibidos los servicios personales, continuó el problema de la mano de obra. Los españoles que llegaban a las Indias no estaban en absoluto dispuestos a trabajar. Eran allí los territorios inmensos y todo debía conquistarse para sacar provecho. El Conde de Nieva, en una carta al Consejo de Indias dice: «hay muy pocos y de muy grande presunción, que antes morirán de hambre que ninguno tome azada». Por tanto, siguieron recurriendo a los indios y abusando de ellos con toda impunidad.