En 1519 se estableció en el Consejo de Castilla una oficina destinada a resolver los asuntos de las Indias. De ello surgió lo que sería el Consejo de Indias, supremo organismo o ministerio que asistía al soberano y preparaba la legislación y la gestión general de los asuntos del Nuevo Mundo. Como organismo legislativo, era el encargado de elaborar las ordenanzas, reales cédulas y otros documentos normativos. Como poder judicial, era el árbitro de los conflictos de competencias surgidos en las audiencias. Además sugería al Rey el nombramiento de los funcionarios superiores para representarlo en los territorios americanos.
El Consejo no tuvo en sus primeros tiempos una residencia fija. Generalmente seguía a la corte en sus desplazamientos. Pero, cuando en 1561 Madrid pasó a ser la residencia del Rey, el alto organismo de Indias pasó a tener su sede en el Alcázar Viejo.