Tras el fallecimiento del desquiciado y «viajero» pontífice, los cardenales romanos escogieron nuevo sucesor. El continuador del papado romano fue Bonifacio IX. Cinco años más tarde fallecía también el Papa de Aviñón, el terrible y sanguinario Clemente VII, alias «El Carnicero», quien como ya vimos se había cobrado más de cuatro mil almas en Cesena cuando era cardenal.
Aquel habría sido un momento idóneo para acabar con el Cisma, pero en lugar de esto, los cardenales franceses escogieron al cardenal español Pedro de Luna, quien a partir de 1394 pasó a llamarse Benedicto XIII.
En vista de que la bicefalia de la Iglesia no acababa, los dos profesores más eminentes de la Universidad de París —en aquella época la cuna de la teología—, propusieron la celebración de un concilio que acabara definitivamente con el Cisma.
Este concilio tuvo lugar finalmente en la ciudad de Pisa en 1409. Sin embargo, el llamamiento fue ignorado por ambos papas —Benedicto XIII y Gregorio XII—, por lo que se decidió que fueran depuestos y se nombró como nuevo pontífice a Alejandro V, que fue aceptado como legítimo por Inglaterra, Francia y buena parte de Alemania.
Como era previsible, los papas de Aviñón y Roma hicieron caso omiso a su deposición, y siguieron considerándose los auténticos sucesores de san Pedro. Así que tras el Concilio de Pisa, la cristiandad ya no gozaba de la existencia de dos papas, como hasta ese momento, sino que tenía tres Santos Padres. Claro que cada uno de ellos tenía a su vez una corte de colegios cardenalicios, lo que generó problemas graves como que algunas diócesis contaran a su vez con tres obispos.