¿Cómo es posible que podamos crear tantos mensajes diferentes y sea posible entenderse? Nadie tiene la respuesta exacta. Una de las teorías más aceptadas es la propuesta por Chomsky. Según este autor, toda expresión tiene una estructura superficial y una estructura profunda. Las estructuras superficiales pueden ser distintas, pero las estructuras profundas pueden ser idénticas. Por ejemplo, «Meat and gravy are loved by lions», es una frase superficialmente distinta de la siguiente: «Lions love meat and gravy». Aunque ambas frases toman como modelo una tercera: «Lions love meat and lions love gravy[7]». Esta tercera frase refleja de forma más precisa las estructuras profundas de las que se pueden hacer distintas versiones superficialmente diferentes.
¿Cuál es la estructura profunda en una frase como la siguiente: «John knows a kinder person than Bill?». (¿John conoce a alguien más amable que Bill?). El significado de esta frase es ambiguo. ¿Conoce John a alguna persona más amable que las que conoce Bill?, o bien ¿Conoce John a una persona más amable de lo que es Bill? Tiene que haber dos diferencias estructurales profundas que se han mezclado en una única estructura superficial ambigua. Yendo hacia atrás a través de un cierto número de inferencias, el lingüista llega a dos estructuras profundas: «John knows a person/a person is kind/more than Bill is kind»; «John knows a person/a person is kind/more than a person Bill knows». (Katz, 1971:79-81). (John conoce a una persona/esa persona es amable/más amable que lo que Bill es; John conoce a una persona/esa persona es amable/más que una persona a la que conoce Bill).
Teóricamente, el conocimiento de las normas de transformación podría llevarnos a la identificación de estructuras profundas que subyacen en las formas aparentemente diferentes de decir la misma cosa. Desafortunadamente, no ha sido posible aún identificar todas las normas de transformación en una determinada lengua, y muchos lingüistas están convencidos de que existe una diferencia de significado entre las frases con estructura profunda y sus transformaciones en estructuras superficiales (Silverstein, 1972:376).
Un rasgo esencial en la noción de Chomsky sobre la gramática es que en sus niveles más profundos todas las lenguas humanas comparten una estructura específica de especie común innata. Es la existencia de esta estructura innata lo que hace posible que los niños aprendan a hablar a una edad temprana y también hace posible la traducción de una lengua humana a otra. Sin embargo, otros autores dudan de la existencia de dicha gramática innata y atribuyen la adquisición y la capacidad de hablar por parte de los niños al proceso ordinario de aprendizaje.