El IOR, que sirve para gestionar de forma eficaz el dinero de la Iglesia católica y moverlo hacia las misiones y obras de caridad en todo el mundo, ha tenido siempre un lado oscuro. Esto lo permiten sus cuentas sin nombre, sin ningún tipo de recibo y sin operaciones electrónicas de por medio. Ettore Gotti Tedeschi era el encargado de acabar con todo ello. Las relaciones entre la mafia y el IOR ha sido uno de los grandes cánceres de la Santa Sede desde la siniestra época de Michele Sindona, Roberto Calvi y Paul Marcinkus, hasta las actuales relaciones con Matteo Messina Denaro, el todopoderoso jefe de la Cosa Nostra.
El último presidente del IOR, Ettore Gotti Tedeschi, fue cesado de forma fulminante el 24 de mayo de 2012 por querer llevar a cabo una profunda limpieza. Así, el hombre encargado por el papa Benedicto XVI para conducir al IOR desde las oscuras cavernas del blanqueo de capitales hasta la nueva realidad que exigen Washington, Bruselas, incluso Francia, Alemania y la propia Italia, era apartado de forma brusca de cualquier posibilidad de cumplir con los deseos del Sumo Pontífice. Cuando Gotti Tedeschi intentó pedir explicaciones al papa, este, sencillamente, decidió no responder. De este modo se hacían del todo evidentes las malas relaciones entre aquellos que estaban de acuerdo con la necesidad de convertir al IOR en un banco «blanco», como el propio papa o Gotti Tedeschi, y los que preferían dejar las cosas como estaban, como el cardenal Bertone o el director general del IOR, Paolo Cipriani. A pesar de que los pasos iniciados por Benedicto XVI con la aprobación de la Carta Apostólica, en diciembre de 2010, iban encaminados a imponer una nueva legislación para convertir el IOR en un banco «legal», muchos otros poderes dentro de la Santa Sede iban a negarse a ello, provocando una auténtica guerra fraticida. Muchas serían las víctimas de esta lucha soterrada, sucedida entre julio de 2009 y junio de 2012. Entre ellas se encuentran nombres como el de Ettore Gotti Tedeschi, presidente del IOR, o el de monseñor Carlo Maria Viganò, secretario general de la Gobernación del Estado-Ciudad del Vaticano. Todo el que intentase denunciar la corrupción o la mala praxis en las instituciones vaticanas sería condenado al destierro o al más absoluto silencio.