Enrico de Pedis fue asesinado a tiros el 2 de febrero de 1990, en la puerta del número 65 de la vía del Pellegrino, cerca del Campo di Fiore, poniendo fin a catorce años de poder en el mundo de la delincuencia de la capital italiana. Como dijimos De Pedis fue enterrado con todos los honores en la basílica de Sant’Apollinare. Ugo Poletti, presidente entonces de la Conferencia Episcopal Italiana, cardenal vicario de Roma y confesor del Sumo Pontífice, definió al mafioso como el «gran benefactor de los pobres». Pero lo que no dijo el alto miembro de la curia es que la viuda del mafioso asesinado había entregado al propio Poletti la cantidad de 660 000 euros en diamantes con el fin de trasladar su cadáver desde el cementerio Monumental de Roma a la cripta de la basílica de Sant’Apollinare. De ese modo, un jefe mafioso iba a compartir descanso eterno, por obra y gracia de un cardenal de la Iglesia católica, con insignes miembros de la cúpula de la Santa Sede. Sin duda alguna, el jefe de la banda de la Magliana se llevaba a la tumba los principales secretos que rodeaban al caso Orlandi.
La Magliana, muy activa en la década de los setenta y ochenta, estaba relacionada con sobornos a políticos, apuestas ilegales, usura, falsificación de títulos, tráfico de drogas, secuestros, blanqueo de dinero y asesinatos por encargo[103]. Pero, además, la organización mafiosa había estado relacionada con los últimos grandes acontecimientos criminales no solo de Italia, sino también de la Santa Sede, y con organizaciones como el IOR, la P2 o la Banca Ambrosiana. El asesinato del periodista Mino Pecorelli, el caso Calvi, el secuestro y asesinato de Aldo Moro, el atentado en la estación de Bolonia y la desaparición de Emanuela Orlandi fueron acontecimientos en los que la mano de la Magliana aparecía[104].
Antonio Mancini, antiguo miembro de la organización criminal, declararó a la prensa en 2012 que la niña secuestrada en 1983 había sido asesinada como venganza por la pérdida de fondos depositados por la Magliana por parte del IOR. Según Mancini, Emanuela estuvo secuestrada solo dos días, hasta que los altos mandos de la Magliana descubrieron que el IOR no tenía pensado devolver los más de doscientos millones de dólares que habían perdido de la mafia romana tras la quiebra del Banco Ambrosiano. Fue entonces cuando la niña fue ejecutada. Mancini aseguró también que era el propio Enrico de Pedis quien conducía el misterioso BMW de color negro en el que varios testigos vieron entrar a Emanuela el día de su desaparición.
La credibilidad de Antonio Mancini era más bien dudosa, sobre todo cuando, en una segunda declaración, explicó que la adolescente había sido secuestrada por la banda de la Magliana como un favor personal de De Pedis al cardenal Ugo Poletti. Mancini no explicó el motivo de semejante favor a tan alto miembro de la curia romana. ¿Acaso no eran más que conjeturas?