Emanuela Orlandi, nacida el 14 de enero de 1968, era la cuarta de los cinco hijos nacidos del matrimonio de Ercole, un funcionario del IOR, con María. La adolescente, de pelo castaño y profundos ojos color miel, había finalizado el curso con magníficas calificaciones y continuaba asistiendo a clases de flauta, tres veces por semana, en la escuela de música Tommaso Ludovico da Victoria, un centro subvencionado por el Instituto Pontificio de Música Sacra, una institución perteneciente a la Santa Sede. Emanuela, además, formaba parte del coro de la iglesia de Santa Ana[94].
Como todos los días, la adolescente, que vivía con su familia en un piso en el interior de los muros vaticanos, viajó en autobús desde la Piazza del Resorgimento, en las cercanías de la Plaza de San Pedro, hasta la escuela de música. Desde la parada del autobús hasta la puerta del centro, Emanuela caminaba solo unos doscientos metros, pero el miércoles 22 de junio de 1983, la adolescente llegó tarde a clase. Ella misma explicó por teléfono a su hermana que, antes de ir a clase, se había detenido en un punto del trayecto para entrevistarse con un representante de la empresa de cosméticos Avon. La hermana de Emanuela le recordó que, antes de aceptar cualquier trabajo, debía pedir permiso a sus padres, pero la adolescente pidió a su hermana que ocultase el asunto, pues solo pensaba trabajar durante los dos meses de verano y que, en septiembre, lo dejaría para reincorporarse a sus estudios[95].
Tras finalizar la clase de música, Emanuela le explicó a una compañera que estaba muy ilusionada con el trabajo. Después se despidió de ella en la Piazza Navona y se dirigió hacia la parada del autobús para regresar a casa. Emanuela Orlandi fue vista por última vez entrando en un BMW de color negro. Desde ese momento no volvió a saberse nada de ella.
Al día siguiente, sobre las tres de la tarde, Ercole Orlandi se presentó en la escuela de música para hablar con el director, que nada pudo decir sobre el paradero de la joven, y desde allí, se dirigió a la comisaría más cercana para denunciar la desaparición de su hija. Aunque el agente que lo atendió le recomendó que esperase otras veinticuatro horas para hacer una denuncia formal, el padre de Emanuela prefirió no hacer caso. La adolescente fue declarada oficialmente «desaparecida» por la policía italiana ese mismo día.
El viernes y el sábado siguientes, 24 y 25 de junio, la noticia de la desaparición de Emanuela Orlandi apareció en la prensa, en Il Tempo e Il Messaggero, por medio de un cartel con su foto y el número de teléfono de sus padres en el Vaticano. El sábado por la tarde, Ercole Orlandi recibió una misteriosa llamada de un joven que se identificó como «Pierluigi». El desconocido aseguraba que estaba junto a su novia en la Piazza Navona cuando vio a Emanuela la tarde de su desaparición. Orlandi le pidió que hiciera una descripción detallada de su hija: «Una chica de estura media, con el pelo corto, unas gafas de cerca colgadas del jersey. En la mano llevaba unas partituras y una flauta». Sin duda alguna, era ella. Durante la conversación, grabada por la policía italiana, el joven también dijo que él y su novia habían hablado con la muchacha y que les había asegurado que iba a comenzar a trabajar para la firma Avon con el fin de reunir el suficiente dinero para escaparse de casa[96]. «Pierluigi» aseguró además que Emanuela se presentaba a sí misma con el sobrenombre de Barbarella, el famoso personaje de cómic llevado al cine e interpretado por Jane Fonda.
Boletín oficial de la Santa Sede informando que, después del Angelus del 3 de julio de 1983, el papa Juan Pablo II hará una referencia al secuestro de Emanuela Orlandi.
El martes 28 de junio se recibió una segunda llamada, esta vez de un tal «Mario», que afirmó ser propietario de un bar cercano al Ponte Vittorio Emanuele II, a medio camino entre el Vaticano y la escuela de música. «Mario» dijo que una chica que se parecía mucho a Emanuela Orlandi entró el día de su desaparición en su bar y que le dijo que pensaba escaparse de su casa con su novio. La chica aseguró al dueño del bar que regresaría únicamente para la boda de su hermana mayor. En esta ocasión la chica se hacía llamar «Bárbara».
El jueves 30 de junio, la capital italiana apareció forrada con más de tres mil carteles con la imagen de Emanuela Orlandi. Hasta entonces la policía seguía manejando la hipótesis de una adolescente enfadada con sus padres que había huido de casa, pero el domingo 3 de julio, tras la lectura del Angelus por parte del papa Juan Pablo II, todos los relacionados con el caso se quedaron paralizados al escuchar las palabras del Sumo Pontífice, que expresó su angustia a la familia Orlandi:
Deseo expresar una profunda simpatía con los que están cerca de la familia Orlandi, y cuya hija Emanuela, de quince años, está en peligro desde que el miércoles 22 de junio no regresó a casa. Yo comparto la emoción y la angustia de los padres ansiosos, y no pierdo la esperanza en el sentido de la humanidad de aquellos que tienen una responsabilidad en este caso. Elevo mi oración al Señor por Emanuela para que pronto vuelva a abrazar a sus seres queridos, que la esperan con angustia indecible. Para este fin, también yo os invito a rezar.
La sorpresa fue absoluta, pues era la primera vez que, de forma oficial, alguien hacía referencia a un secuestro y no a una desaparición. Ni la Policía italiana ni la Gendarmería vaticana estaban de acuerdo con esta nueva hipótesis, y así se lo hicieron saber al entonces secretario de Estado, el cardenal Agostino Casaroli.
El martes 5 de julio, justo dos días después de las palabras de Juan Pablo II en la Plaza de San Pedro, la familia Orlandi recibió la primera de una serie de cinco inquietantes llamadas. Un desconocido aseguró que Emanuela estaba en poder de una organización criminal que exigía como rescate la liberación de Mehmet Ali Agca, el terrorista que había disparado contra el papa el 13 de mayo de 1981 y que se encontraba recluido en la prisión de Rebibbia[97]. Años después, el propio Agca afirmaría en una entrevista a la RAI que Orlandi había sido secuestrada por agentes búlgaros de la Darzhavna Sigurnost (DS). Aunque afirmó no tener conocimiento directo del secuestro, sí dijo que Emanuela vivía y que estaba sana y salva en un convento ortodoxo de Bulgaria[98].
La siguiente llamada, esta vez realizada directamente a la Policía, fue de un hombre que se hacía llamar el Americano. La Policía afirmó después que su acento era, en efecto, americano con algún deje italiano. Pero lo que sorprendió en verdad de esta llamada fue que el desconocido pusiera al teléfono una grabación de la voz de Emanuela, pero que no diera ningún dato más[99]. El Americano volvió a llamar esa misma noche a Ercole Orlandi y esta vez pidió un intercambio de Emanuela por el terrorista Mehmet Ali Agca. Antes de colgar, el Americano dijo al padre de Emanuela que tanto «Pierluigi» como «Mario» eran miembros de su misma organización. ¿Cómo sabía el Americano que se habían producido las llamadas anteriores de esos dos hombres si esa información solo la conocían la familia y las Policías italiana y vaticana?
El miércoles 6 de julio, un desconocido llamó a la agencia de noticias ANSA para comunicar que pondrían en libertad a Emanuela a cambio de la liberación de Mehmet Ali Agca. Para demostrar que la tenían en su poder, dejarían un paquete cerrado con varias pertenencias de Emanuela en el interior de una papelera frente a la sede del Parlamento. Efectivamente, en el interior de un sobre, hallado donde había indicado la fuente anónima, aparecieron una fotocopia de la identificación de la escuela de música, un recibo del pago de la matrícula y una nota escrita a mano por la propia Emanuela Orlandi. Los padres y hermanos de la adolescente no fueron capaces de asegurar que, en efecto, se trataba de la caligrafía de Emanuela.
En los días siguientes, varias llamadas más se sucedieron, todas exigiendo la libertad del terrorista turco a cambio de la liberación de la niña. Entre el 10 y el 15 de julio, el Americano realizó hasta dieciséis llamadas, a través de una línea directa, al cardenal secretario de Estado Agostino Casaroli. Los temas tratados en estas conversaciones permanecen en el más absoluto secreto.
El domingo 17 de julio de 1983, el papa Juan Pablo II volvió a hablar de Emanuela, tras el Angelus, en el curso de un encuentro con fieles en Castel Gandolfo:
El drama de la joven Emanuela Orlandi, arrebatada del afecto de sus seres queridos el 22 de junio pasado, es de nuevo recordado por el Santo Padre durante el encuentro con los fieles en Castel Gandolfo para rezar el Angelus Domini. Antes de abordar el acostumbrado saludo a los peregrinos italianos presentes en el encuentro mariano, el papa invita a orar por la joven con las siguientes palabras: «Una vez más les invito a unirse conmigo en oración por Emanuela Orlandi, de cuyo destino y el paso de los días no ha aparecido, por desgracia, pista alguna. Me hago eco y comparto profundamente la inquietud de los padres: no prolongar el dolor abrumador de una familia, que no pide nada sino ser capaz de abrazarla de nuevo. Con lo que ruego a Dios por la paz y la alegría para que pueda volver a una casa que por tantos días vive una tragedia tan dolorosa»[100].
El caso permanecía abierto, aunque no se halló ninguna pista sobre el lugar donde podía encontrarse Emanuela Orlandi. Sin embargo, en junio de 2000, el juez Ferdinando Imposimato, presidente honorario de la Suprema Corte de Casación y juez instructor de innumerables casos relacionados con la mafia, la Cosa Nostra, el secuestro de Aldo Moro o el atentado contra Juan Pablo II, aseguró que la joven estaba viva en algún lugar de Turquía, protegida por los «Lobos Grises», el grupo al que pertenecía Ali Agca, y que estaba perfectamente integrada en la vida musulmana, religión que había abrazado. Ninguna de las afirmaciones realizadas por el juez Imposimato pudieron comprobarse. Además, el juez afirmó que Emanuela Orlandi había vivido durante algún tiempo en un apartamento de París, algo que sí fue investigado por la Dirección para la Seguridad del Territorio (DST), el contraespionaje galo, sin resultado positivo[101].
Casi un año después, el caso Orlandi volvió a saltar a las portadas de todos los periódicos italianos cuando, en la mañana del 14 de mayo de 2001, un sacerdote que barría el interior de la iglesia de San Gregorio VII, en la calle del mismo nombre y a pocos metros de los muros vaticanos, encontró una mochila en el interior de un confesionario. Al abrirla, descubrió una calavera de pequeño tamaño sin la mandíbula inferior y una imagen del Padre Pío. La prensa comenzó a lanzar suposiciones sobre la posibilidad de que el cráneo encontrado fuera el de Emanuela Orlandi. Un estudio de ADN demostraría lo contrario.