A finales de junio de 2012, con el fin de alejarse lo más posible del escándalo Vatileaks y de las voces que acusaban a Bertone de mal gobierno y de acumular más poder que el propio papa, Benedicto XVI decidió dar un brusco golpe de timón en la maquinaria curial, hasta ahora controlada y engrasada por los hombres del secretario de Estado. Para ello, el Sumo Pontífice comenzó a sustituir a obispos y cardenales próximos a Bertone por hombres más «neutrales» o, al menos, más independientes de las directrices marcadas desde los despachos de la Secretaría de Estado. Los vaticanistas los definen ya como los «aperturistas».
El papa nombró al francés monseñor Jean-Louis Brugues, hasta ahora secretario de la Congregación para la Educación Católica, un hombre abierto y pragmático ante las controversias que han involucrado a las universidades católicas de estos últimos años, como nuevo responsable de la Biblioteca y Archivo Secreto Vaticano. Asimismo nombró al obispo italiano Vincenzo Paglia, hombre con una larga experiencia en el diálogo ecuménico y en la ayuda a los pobres, presidente del Pontificio Consejo para la Familia. A Augustine di Noia, obispo estadounidense y secretario de la Congregación para el Culto Divino y la Disciplina de los Sacramentos, lo nombró nuevo vicepresidente de la Comisión Ecclesia Dei. Para el puesto de Di Noia, como número dos del dicasterio que se ocupa de la liturgia, Benedicto XVI nombró al inglés Arthur Roche, hasta ahora obispo de Leeds, tachado de «moderno», aunque no de «modernista», fiel al Concilio Vaticano II y experto en liturgia. Por último, el papa designó como secretario adjunto de Propaganda Fide al obispo tanzano Protase Rugambwa, mientras que como regidor de la Penitenciaría Apostólica nombró al polaco Krzysztof Jozef Nykiel, hasta entonces oficial de la Congregación para la Doctrina de la Fe. Ninguno de los seis elegidos son hombres próximos a Tarcisio Bertone, si bien tampoco pertenecen al bando de Sodano.
Mientras tanto, como signo claro de que las cosas estaban cambiando en los despachos vaticanos, tres italianos, todos ellos hombres fieles a Tarcisio Bertone, dejaban sus puestos: los cardenales Raffaele Farina y Ennio Antonelli, y el obispo Gianfranco Girotti. Farina abandonaba su cargo al mando de la Biblioteca y Archivo Secreto Vaticano; Antonelli, dejaba la Presidencia del Pontificio Consejo para la Familia; y Girotti, dejaba su puesto como Regente de la Penitenciaría Apostólica. El mismo Vaticano definió estos cambios como una señal de la voluntad del papa para mantener abierta la línea de diálogo «a todas las facciones», pero los analistas aseguraban que venían suscitados por el deseo del Sumo Pontífice de «allanar» el camino de salida de Bertone de su puesto como número dos del Vaticano en los próximos meses.
Otro claro signo de que los «bertonianos» podrían estar siendo desplazados de los principales órganos de poder llegó el lunes 2 de julio de 2012, cuando Benedicto XVI anunció el nombramiento de su amigo y experto teólogo, el arzobispo alemán Gerhard Ludwig Müller, como nuevo prefecto de la Congregación para la Doctrina de la Fe, presidente de la Pontificia Comisión Ecclesia Dei, presidente de la Comisión Teológica Internacional y presidente de la Pontifica Comisión Bíblica. Jamás un solo obispo había reunido tanto poder en sus manos en la larga historia de la maquinaria vaticana. Müller, nacido en la ciudad alemana de Mainz el 31 de diciembre de 1947, licenciado en Filosofía y Teología, profesor universitario y, como el Santo Padre, un escritor prolífico con más de cuatrocientas publicaciones en su haber. Entre ellas destaca un texto de casi un millar de páginas sobre Teología dogmática católica. Se dice que para la redacción de este texto, Müller contó con el asesoramiento del todavía cardenal Joseph Ratzinger, cuando este lideraba la Congregación para la Doctrina de la Fe. Pero de lo que no cabe duda es que ha sido su proximidad al Santo Padre lo que más ha pesado a la hora de nombrarlo para dirigir tan importantes departamentos de la Santa Sede. De hecho, Gerhard Ludwig Müller está tan cerca de Benedicto XVI que incluso ha sido el editor de todos sus ensayos escritos en alemán desde que Ratzinger era un sencillo teólogo.
Pero Müller tiene dos caras, según sus enemigos, algo que, sin embargo, puede llegar a ser una virtud en la nueva tarea encomendada por el Sumo Pontífice. Por un lado, jamás ha dado el menor espacio al movimiento progresista «Nosotros somos Iglesia» en la diócesis de Ratisbona y, por otro, ha mantenido una estrecha amistad con la Teología de la Liberación, el gran caballo de batalla de Ratzinger en sus tiempos de prefecto del Santo Oficio. De hecho, Müller fue un alumno aventajado del religioso peruano Gustavo Gutiérrez, considerado el padre de la Teología de la Liberación. La amistad de Müller con Gutiérrez estuvo a punto de costarle su nombramiento, puesto que elementos conservadores, azuzados posiblemente por el cardenal Bertone, trataron de usar esta relación para bloquear su designación. El intento cayó en saco roto debido a que, al parecer, Benedicto XVI tenía previsto desde hacía tiempo su nombramiento para sustituir al conservador y ortodoxo cardenal estadounidense William Levada. Por otro lado, se sabe que el nuevo guardián de la Fe ha tenido serios enfrentamientos con Tarcisio Bertone debido a que el secretario de Estado calificaba al alemán de «demasiado abierto». Es bien seguro que Bertone no le pondrá las cosas fáciles a Müller, ni este a Bertone. Algunos vaticanistas han llegado a predecir una posible guerra entre la poderosa Congregación para la Doctrina de la Fe y la aún más poderosa Secretaría de Estado vaticana.
Otro miembro de la actual «guardia pretoriana» de Benedicto XVI es el cardenal suizo Kurt Koch, que dirige el Pontificio Consejo para la Unidad de los Cristianos desde el 1 de julio de 2010. Al igual que Müller, Koch es un experto teólogo que ha formado parte de comisiones para el acercamiento con otras religiones, como la llamada Comisión Mixta Internacional para el Diálogo Teológico entre la Iglesia Católica y la Iglesia Ortodoxa, reunida en Viena en septiembre de 2010. El cardenal Koch es también presidente de la Pontificia Comisión para las Relaciones con los Judíos.
La llegada de hombres como Müller o Koch a la sala de máquinas de la Santa Sede para hacerse cargo de los asuntos teológicos podría significar, en efecto, una nueva etapa en el pontificado de Benedicto XVI. Tal vez, de esta forma el 265.º Sumo Pontífice de Roma dejaría de ser un papa que reina pero que no gobierna. Personas como Müller y Koch permitirán a Benedicto XVI centrarse más en el «gobierno» que en la teología para evitar que un nuevo tsunami como el de Vatileaks vuelva a asolar el Estado de la Ciudad del Vaticano.