Mesopotamia y Persia no se fundieron totalmente en el mundo musulmán. Así como las provincias no griegas del Imperio Romano hallaron un refugio nacionalista en una herejía cristiana, así también las provincias no árabes del Imperio Musulmán hallaron otro en las herejías islámicas.
Las cosas ocurrieron así. En el 644, poco después de la conquista de Persia, fue elegido un nuevo califa, Utmán. Era un hombre de edad, que había sido yerno de Mahoma y pertenecía a una familia noble de La Meca, los omeyas. Bajo su gobierno, se pensó que otros miembros de su familia obtenían más de lo que les correspondía en los puestos de gobierno y en las ganancias imperiales, y cundió el descontento.
Hubo motines de tropas y, en el 656, un contingente de soldados de Egipto buscó al califa en su casa de Arabia y lo mató. Luego supervisaron la elección del sucesor, que resultó ser Alí, otro yerno de Mahoma.
Pero Alí no fue reconocido por los partidarios de los omeyas, quienes pensaban (con aparente razón) que la elección no podía haber sido libre bajo la vigilancia de los asesinos de Utmán.
El líder del partido omeya era el gobernador de Siria, Muawiya. Alí recibió su principal apoyo de Mesopotamia. En verdad, Alí instaló su capital en Kufa, que había sido fundada por los árabes en el 638, poco después de la batalla de Qadisiya. Estaba a orillas del Éufrates, a unos 65 kilómetros río abajo de donde había estado Babilonia. La guerra civil, pues, fue entre Siria y Mesopotamia; la primera representaba el núcleo árabe del nuevo imperio, y la segunda a la cultura persa.
La guerra siguió durante un tiempo, mientras Alí perdía apoyo constantemente, hasta que, en el 661, ciertos grupos cansados de la guerra fraguaron una conspiración. Pensaron que matando a las cabezas de ambos partidos se lograría la paz. Pero parte del plan fracasó; Muawiya escapó, y sólo Alí fue asesinado.
Muawiya inmediatamente logró hacerse elegir califa y trató de buscar seguridad negándose a instalar su capital en la turbulenta Arabia y trasladándola a su Siria natal. Damasco se convirtió en la ciudad principal de todo el mundo musulmán y así llegó a su apogeo en la historia. No había sido la capital de un Estado completamente independiente desde hacía catorce siglos, y aun entonces sólo había sido la capital de la Siria bíblica, pequeño reino no más poderoso que Israel.
El linaje de los que gobernaron desde Damasco en el siglo siguiente constituye lo que se llama el Califato omeya.
Los seguidores de Alí no aceptaron totalmente el nuevo estado de cosas. Representaban, en parte, la reacción persa a la dominación árabe y se agruparon alrededor del hijo mayor de Alí, Hasán. Pero, desgraciadamente para ese grupo, Hasán era un estudioso, hombre pío, que no sentía ninguna atracción por la guerra. Pronto abdicó.
Pero el partido de Alí se mantuvo en Kufa, y cuando Muawiya murió, en el 680, invitaron a Husayn, el hijo menor de Alí, a que los condujera a luchar por el califato. Husayn acudió a Kufa, pero fue abandonado por sus propios adeptos y muerto en una batalla con las fuerzas omeyas que se libró en Kerbela, inmediatamente al oeste de Kufa, el 10 de octubre de 680. En el 700, el partido de Alí hizo un nuevo intento de tomar el poder y fracasó. En el 740, lo intentó nuevamente, y otra vez fracasó.
Pese a estos repetidos fracasos, el partido sobrevivió y sus adeptos fueron llamados los chiitas, de una palabra árabe que significa «partidario», esto es, los partidarios de Alí. Hasta hoy, los chiitas consideran que Alí y sus hijos han sido los verdaderos sucesores de Utmán, y que todos los califas desde Muawiya en adelante han sido usurpadores. Celebran el aniversario de la muerte de Husayn como día de duelo y Kerbela es para ellos una ciudad sagrada. A los chiitas se oponen los sunníes, de una palabra árabe que significa «tradición», es decir, los seguidores de la tradición ortodoxa.
El chiismo tuvo una historia muy variada en el islam, y hubo épocas en que sus partidarios dominaron grandes provincias. Hasta hoy, han sido una secta minoritaria, que sólo cuenta con el diez por ciento de los musulmanes. Aún así, el chiismo sigue siendo la expresión del nacionalismo persa, pues forma la mayoría gobernante en las naciones modernas de Irak (Mesopotamia) e Irán (Persia).
Mientras continuaron las conquistas árabes, el Califato omeya fue fuerte. En el 717, el imperio musulmán se extendía desde las fronteras orientales de Afganistán hasta el océano Atlántico, y hasta incluía la Península Ibérica, en Europa. Tenía 8.000 kilómetros de extensión de Este a Oeste, la mayor franja de tierra que, hasta entonces, estuvo bajo un solo gobierno.
Pero hasta los árabes finalmente hallaron sus límites. En el 717, un formidable intento de tomar Constantinopla por tierra y por mar fracasó. Y en el 732 la avanzada árabe fue aplastada en el centro de Francia. La primera e irresistible oleada de conquistas había terminado. El islam iba a seguir obteniendo victorias durante siglos, pero bajo los árabes serían de secundaria importancia en lo sucesivo, y cuando ganó nuevamente grandes victorias, lo haría bajo la dirección de grupos diferentes de los árabes.
Las facciones opuestas a los omeyas entonces se hicieron sentir, pues al cesar las rápidas conquistas, decayó la popularidad de la dinastía.
Entre los oponentes a los omeyas, se destacaba otra familia de La Meca de mucho prestigio. Esta familia hacia remontar su linaje a al-Abbas, tío de Mahoma, y sus miembros eran llamados los abasíes.
Los abasíes eran sunníes, y por ende podían contar con el apoyo de todos los sunníes cansados de los omeyas. También tenían el apoyo seguro de todos los chiitas, que estaban dispuestos a respaldar hasta a los sunníes en contra de los odiados omeyas.
Los abasíes eligieron el momento cuidadosamente y reunieron a sus adeptos en el Este. En el 749, Abul-Abbas, por entonces líder de la familia abasí, llegó a Kufa y allí fue proclamado califa.
Los omeyas no estaban dispuestos a ceder. Su ejército marchó rápidamente al Este, y se libró batalla a orillas del río Zab, un tributario del Tigris. Allí, nuevamente en la profana vecindad de la antigua Nínive, desaparecida ya hacía catorce siglos, se entabló una batalla decisiva. Ganó el ejército abasí y, en el 750, el Califato omeya llegó a su fin.
Todos los numerosos miembros de la familia omeya fueron asesinados, con excepción de uno que logró escapar y llegar a España. Aquí, durante dos siglos y medio, una brillante dinastía omeya iba a mantenerse independiente del resto del mundo mahometano.