Una vez encauzada la incorporación de Checoslovaquia al Reich, Hitler dirigió su mirada a otro asunto que precisaba de un nuevo golpe de tuerca: la persecución de los judíos. Hasta entonces, los actos contra los judíos habían mantenido una apariencia de legalidad, pero todo cambiaría la noche del 9 al 10 de noviembre de 1938. Herschel Grynszpan, un judío alemán que había emigrado a Francia, había disparado el 7 de noviembre al secretario de la embajada alemana en París, Ernst von Rath, en protesta por el hostigamiento al que estaban siendo sometidos los judíos en Alemania. El diplomático germano murió en la tarde del 9 de noviembre a consecuencia de las heridas recibidas.
Hitler es recibido por una multitud exultante en la ciudad checa de Cheb, de población germana, tras la anexión de la región de los Sudetes en octubre de 1938.
Escaparates de comercios regentados por judíos en Magdeburgo aparecen destrozados tras la «Noche de los cristales rotos».
El asesinato de Von Rath serviría como pretexto para el estallido de un pogromo contra los judíos en toda Alemania. El origen de esos graves altercados no está claro; al parecer, se produjeron un par incidentes aislados y Goebbels vio la posibilidad de alentar una respuesta similar en todo el país. Para ello, extendió la consigna a las autoridades nazis locales de no intervenir en caso de ataques a los judíos, lo que sería interpretado por buena parte de ellos como una orden para actuar. Otros líderes nazis contemplaron los acontecimientos con disgusto, por las graves consecuencias económicas que la destrucción de propiedades podía comportar y la pésima imagen internacional que iba a proporcionar a Alemania.
La ola de violencia desatada contra los judíos se saldó con mil quinientas sinagogas asaltadas, más de siete mil tiendas regentadas por judíos destrozadas y decenas de cementerios hebreos profanados. Las calles de las ciudades germanas quedaron cubiertas de cristales, por lo que esa noche pasaría a la historia como la Kristallnacht, la «Noche de los cristales rotos». La cifra de muertos varía entre los treinta y seis que señalaron las fuentes oficiales y un centenar. Entre veinte y treinta mil judíos fueron detenidos e internados en campos de concentración. Además, los judíos alemanes fueron forzados a pagar una multa colectiva de mil millones de marcos.
La Kristallnacht supuso un grave salto cualitativo; a partir de ese momento los judíos podían ser detenidos y enviados a campos de concentración por el simple hecho de serlo, avanzando el exterminio sistemático que tendría lugar durante la Segunda Guerra Mundial.