Tras la muerte de Mitrídates, Pompeyo regresó a Roma, donde fue, durante los siguientes quince años, ciudadano destacado de la República y comandante civil y militar. En el año 48 a. C. fue derrotado por Julio César en la batalla de Farsalia y asesinado en una playa de Egipto cuando intentaba huir. Curiosamente, treinta años después de que Pompeyo hubiera vencido a las flotas piratas en el Mediterráneo, su hijo Sexto Pompeyo se convertía en jefe de una escuadra pirata.
Farnaces gobernó con tranquilidad en el reino del Bósforo durante un tiempo, sin dar a los romanos motivos de preocupación. El mismo año de la derrota de Pompeyo, sin embargo, reclamó su autoridad como hijo del último rey del Ponto y cruzó el Ponto Euxino (mar Negro) con una flota para recuperar su reino. Pese a tener pocos hombres y dinero, Sínope y Amisos le abrieron las puertas y las guarniciones romanas fueron derrotadas. Farnaces pasó ese invierno creando un ejército y muy pronto el destino de Asia volvió a pender de un hilo.
Pero Julio César no se tomó la amenaza a la ligera. El verano siguiente marchó desde Egipto en dirección norte, con tres mil veteranos romanos y reuniendo refuerzos de las guarniciones de Siria por el camino. El 2 de agosto del año 47 a. C. se enfrentó al ejército póntico en Zela, el histórico campo de batalla del que Mitrídates había hecho huir a Triario veinte años atrás. La derrota del ejército de Farnaces fue tan aplastante que llevó a César a enviar al Senado el arrogante despacho: «Veni, vidi, vici». Vine, vi, conquisté.
Farnaces regresó vencido al Bósforo, donde tropezó con el desafío de un rebelde local. En una batalla campal librada en las estepas, sus guerreros escitas fueron derrotados y Farnaces encontró la muerte mientras combatía en primera línea con sus hombres. Tenía cincuenta y un años. De los muchos otros hijos de Mitrídates, ninguno de ellos, que se sepa, dejó su impronta en la historia.