Hay una descripción de la iglesia y sus cuadros, admirable, como todas las suyas, en Ponz [(219), 1-264]. La considera como «una de las iglesias más ricas en pinturas de cuantas he visto en España». Supone que la arquitectura sea obra del Marqués Crescenci. Enumera y describe los cuadros que eran: cuatro, pequeños, apaisados, en el banco del altar mayor. Sobre este banco, dos cuadros muy grandes, que representan, uno El triunfo de la Religión y otro a Abraham y Melquisedec. En el lado de la Epístola, otro cuadro, muy grande, representando a los Cuatro doctores de la iglesia con Santo Tomás, San Buenaventura y Santa Clara. Al lado del Evangelio, otro de igual tamaño, con los Cuatro Evangelistas. Los bocetos de estos cuadros dice que estaban en el Palacio del Buen Retiro y en el Alcázar. En el crucero de la iglesia había dos lienzos más: Elias y el ángel y El pueblo de Israel recibiendo el maná. Alguno de los lienzos estaba en mal estado. A todos los reputa como «de lo más bello que puede verse de aquel célebre artífice». Supone que los pintaría Rubens, antes o después de su embajada en España por encargo del Valido. Ya dijimos que fueron encargo y regalo del Rey. En otro de los altares había una Adoración de los Reyes Magos, atribuida al mismo Rubens; pero supone Ponz que era de otra mano, aunque retocada por el maestro. En otros dos altares colaterales había dos copias, una de la Sacra Familia, de Andrea del Sarto, de la sacristía del Escorial, y otra de la Piedad, de Rubens, de la Sala capitular del mismo Monasterio, hechas por «alguno de los grandes artífices que tuvo Felipe IV a su servicio». En la sacristía había: dos hermosas copias de los Veronés del Escorial; dos Básanos; un gran Ticiano; otros de dos que no califica; cuatro de la escuela de Voss, y un probable Tintoretto. Califica este conjunto como «bastante para hacer sobresaliente la galería de cualquier Príncipe». Le dijeron a Ponz que en la clausura había más.
En Ford [(95), 11-882] leemos noticias sobre la suerte ulterior de estas pinturas: «En 1807 Mr. Buchanan encargó a Mr. Wallis que le comprase cuadros en España; y éste adquirió de las monjas de Loeches seis de estos cuadros por 600 libras. Mas habiendo entrado por estos días las tropas de Bonaparte en Madrid, los paisanos de Loeches tomaron al comprador por francés, y antes de serle entregados los cuadros tuvo que huir del pueblo, donde le querían ahorcar. Suplicó entonces al general Sebastiani que le ayudase y éste, según el mismo Mr. Buchanan me ha referido, puso a su disposición sus bayonetas, a condición de quedarse él con dos pinturas. Fueron, pues, sacados a la fuerza de Loeches, y Sebastiani, haciendo de león ante la presa, se llevó los dos más hermosos, uno de ellos el Triunfo de la Religión (que no era, ciertamente, el del octavo mandamiento), que vendió luego al Gobierno francés en 30.000 francos, y está hoy en el Museo del Louvre. Las otras cuatro pinturas no tardaron en atentar a otro mandamiento, el décimo o, empleando la elegante paráfrasis de Mr. Buchanan, atraían mucho la atención del Gobierno de Bonaparte, por lo que Mr. Wallis creyó prudente colocarlos bajo la protección del ministro de Dinamarca, Mr. Bourke, el cual, por desgracia, no estaba tampoco muy fuerte de virtudes, y los vendió, por su cuenta, a Lord Grosvenor, en 10.000 libras; pero, al fin, se quedó sin los cuadros y sin dinero. [Véase Buchanan (49), 11-222, que da curiosos detalles de cómo se hacían las colecciones con oro inglés, latón corso y hierro francés.] Sebastiani, en 1814, cuando los acontecimientos empezaban a ir mal, ofreció a un señor inglés lo que él llamaba su colección de 75 cuadros, por 11.000 libras. Se le ofrecieron también a Jorge IV, que no podía pagarlos porque se había gastado el dinero agasajando a los Reyes aliados suyos. Algunos de estos lienzos fueron comprados por los Señores Watson y Taylor y Alex Baring.»
Hoy, la iglesia muestra un aspecto digno y modesto, con copias de poco valor en lugar de las antiguas obras de arte. Pero su tesoro, el que nadie le podrá quitar, está en su Historia.