La guerra marchaba mal para la república. Después de la batalla de Teruel, las tropas de Franco recuperaron la iniciativa estratégica, atacaron el frente de Aragón y lo derrumbaron.
Entre los republicanos creció la idea de terminar la guerra mediante una paz pactada con Franco. Indalecio Prieto participaba de esta convicción. En cambio, los comunistas preferían continuar la guerra sin buscar negociaciones ni compromisos y atacaron a Prieto en sus actos populares y sus periódicos. Hasta el extremo de que el ministro de Instrucción Pública, Jesús Hernández, que era miembros del partido, publicó, con seudónimo, violentos artículos con el ministro de Defensa.
Prieto reaccionó asegurando que dimitiría si no contaba con el apoyo de Negrín y del PSOE.
Los comunistas siguieron presionándolo y, el 16 de marzo, el Consejo de Ministros fue interrumpido por una manifestación donde se gritaba: «¡abajo los ministros traidores!». El 29 del mismo mes se celebró una nueva sesión del consejo, que resultó tormentosa y en la que Prieto informó de que la guerra estaba irremisiblemente perdida. Negrín decidió formar un nuevo gobierno sin Hernández y cesando a Prieto en Defensa, aunque conservándolo como ministro.
Azaña pretendía que se encargara de futuras negociaciones de paz, pero Prieto se negó a continuar en el gobierno.
Finalmente se impuso Negrín, que formó nuevo gobierno el 6 de abril, donde asumió personalmente la cartera de defensa y prescindió de Prieto y de Hernández. La alianza entre Azaña, Negrín y Prieto había terminado. Desde entonces, la dirección de la guerra quedó en manos de Negrín y su equipo de colaboradores, el Partido Comunista, el general Rojo y los militares del Estado Mayor Central, que procuraban mantener una actitud profesional, apartada de las luchas políticas.