Tras su extraordinaria temporada de excavaciones, en 1898, Víctor Loret comenzó otra a finales del invierno de 1899. Procedió a nuevos sondeos y destruyó así, según los arqueólogos contemporáneos, preciosos estratos; pero en aquella época se preocupaban poco por este tipo de detalles.
Loret trabajó en el gran barranco donde estaba situada la tumba de Ramsés IX, luego en el valle entre las tumbas de Amenhotep II y Tutmosis III. Ningún resultado, esa vez. Se desplazó a la zona comprendida entre las tumbas de Seti II y Tausert y, a comienzos de marzo de 1899, descubrió la entrada de un sepulcro.
Unos peldaños, un corredor bastante corto, de 1,70 m de alto, que desembocaba en una antecámara, una escalera llevaba a una cámara funeraria de forma oval y hacía pensar, por lo tanto, en un cartucho real; ése era el plano de la pequeña tumba, marcada por un descenso bastante brusco y un claro cambio de eje desde la primera cámara. El estuco había caído, a causa de la infiltración de las aguas de lluvia, y la decoración había desaparecido; sólo subsistían algunos frisos de kakheru, elementos florales que prodigaban una protección mágica. Al fondo de la cámara funeraria, seguida de una pequeña estancia destinada al cofre de los canopes, un magnífico sarcófago de gres rojo. El cofre de los canopes, que contenía las vísceras del rey distribuidas en cuatro compartimentos, estaba intacto.
Loret leyó el nombre del faraón en el sarcófago: ¡Tutmosis I! Acababa de descubrir, pues, la más antigua tumba del Valle, la primera que se había excavado en aquel paraje. ¿Acaso no correspondía a su papel de ancestro el que fuera la más pequeña y sencilla? Se recogieron pocos vestigios, fragmentos de alfarería, de una jarra de alabastro con el nombre del rey y, sobre todo, dos pedazos de calcáreo en los que figuraban textos del Libro de la cámara oculta, el Amduat, totalmente revelado en las tumbas de Tutmosis III y Amenhotep II, había sido inscrito ya, parcialmente, en el primer hipogeo. El indicio es capital, pues demuestra que las etapas de la resurrección del sol son consustanciales con el nacimiento del paraje y la función principal de las tumbas reales.
La duración de su reinado se discute: doce o quince años (1506-1493); Tutmosis I no tenía parentesco alguno con su predecesor, Amenhotep I, y no pertenecía a la familia real. Su nombre nos indica que había «nacido de Thot», el señor de los jeroglíficos y de la ciencia sagrada.
El padre de Hatshepsut reprimió, en el año 2, una revuelta en Nubia; fijó su frontera meridional en la tercera catarata y construyó una fortaleza que impidiera cualquier invasión de las tribus africanas. Al norte, el rey mantuvo la paz en Palestina y Siria. En Menfis, instaló una guarnición, desarrolló el arsenal y el puerto fluvial; de la gran ciudad partieron las tropas encargadas de mantener el orden en Asia. En Tebas, el maestro de obras Ineni construyó el recinto del templo de Amón-Ra de Karnak, una sala hipóstila ante el santuario de la barca y dos obeliscos ante el cuarto pilono. Además, Tutmosis I dio un decisivo impulso a la comunidad de Deir el-Medineh, creada sin duda por Amenhotep I a quien los constructores veneraron a lo largo de toda su historia.
Se afirma con frecuencia que la tumba de Tutmosis I (núm. 38) fue la primera que se excavó en el Valle; pero un egiptólogo inglés, John Romer, duda de esta certidumbre e intenta abrir de nuevo un expediente en el que, por desgracia, faltan las notas de Víctor Loret, mudo en lo referente a las exactas circunstancias del descubrimiento. Según Romer, los fragmentos de objetos datan de la época de Tutmosis III y no del reinado de Tutmosis I; por otro lado, el plano y la arquitectura de la tumba son parecidos a los de Tutmosis III. A éste último debiera atribuirse también, a su entender, el sarcófago en el que fue depositada la momia de Tutmosis I. Depositada o, con mayor exactitud, vuelta a inhumar pues, según la hipótesis de Romer, fue Tutmosis III quien hizo construir una tumba para su antepasado. Cierto es que las tumbas núm. 38 (Tutmosis I), núm. 42 (atribuida, aunque con discusiones, a Tutmosis II) y núm. 34 (Tutmosis III) tienen una planta parecida y elementos en común; ¿debemos concluir de ello que Tutmosis III hizo excavar los tres hipogeos para conferir unidad a su linaje?
Si la tumba núm. 38 no es la primera del Valle, ¿dónde está la que sabemos que fue excavada por Ineni, el maestro de obras de Tutmosis I? Romer propone la extraordinaria tumba núm. 20 que suele atribuirse a la reina-faraón Hatshepsut; de extraordinaria longitud, excavado en el acantilado, provisto de una pequeña abertura que corresponde a la voluntad de secreto expresada por Ineni, este hipogeo se abre en un inmenso arco aproximado que forma una planta única. Tutmosis I habría pues ordenado que acondicionaran la tumba núm. 20, reabierta por su hija Hatshepsut, autora de una nueva cámara funeraria en la que deseaba instalar la momia de su padre en un sarcófago de cuarcita, grabando en él el nombre de la reina que deseaba reposar junto a su padre. Pero no fue enterrada en esta tumba que, a su vez, fue abierta por Tutmosis III para trasladar la momia de su antepasado e instalarla en la sepultura núm. 38, con un nuevo equipo funerario.
Esta reconstrucción de los acontecimientos no es unánimemente aceptada; para el egiptólogo alemán Altenmüller, por ejemplo, la tumba núm. 20 no es la de Tutmosis I y la tumba núm. 38 debe considerarse, efectivamente, como la primera del Valle.
El examen de la momia considerada como la de Tutmosis I añade otras dificultades. Por un lado, la posición de las manos colocadas ante el sexo es anormal; por otro lado, la edad de la muerte, según los especialistas, debiera situarse en torno a los dieciocho años, lo que no corresponde a la duración de la vida ni del reinado del faraón. O la momia llamada de Tutmosis I no es la suya o tenemos que reescribir de nuevo la historia.