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Una vez recluidos en el limbo del secreto de estado sus éxitos de guerra, la reputación de la regla de Bayes saldría de la segunda guerra mundial más cubierta de recelos que nunca. Los autores de los libros y las revistas de estadística subrayarían en repetidas ocasiones, no sin fariseísmo, que no se valían en ningún caso de ese teorema. Después de que Jack Good expusiera los detalles del método ante los miembros de la Real Sociedad Estadística británica, las primeras palabras del siguiente orador fueron: «Tras estas estupideces…».[5.1]
La palabra «Bayes» seguía evocando la utilización de un conjunto de probabilidades a priori, y lo cierto es que todavía no se asociaba su uso con la realización de inferencias, el establecimiento de conclusiones o la enunciación de predicciones basadas en la actualización de los datos observacionales. En los años cincuenta del siglo pasado, el Negociado Nacional de Estándares de los Estados Unidos decidiría suprimir el envío de un informe al Campo de Pruebas de Aberdeen, el centro de comprobación de armamento del ejército estadounidense, debido a que el estudio realizado había empleado métodos bayesianos subjetivos. Durante la campaña puesta en marcha contra el comunismo por el senador Joseph McCarthy, uno de los estadísticos del mencionado negociado tacharía, medio en serio medio en broma, de «poco patriota» a uno de sus colegas, «debido a que se trataba de un seguidor del sistema bayesiano y a que eso […] minaba la solvencia del gobierno de los Estados Unidos».[5.2] Los profesores de la Escuela de Estudios Empresariales de Harvard decían que sus colegas bayesianos eran unos «socialistas que se autodenominaban científicos».[5.3]
Un destacado estadístico escribiría lo siguiente: «Todavía parece seguir existiendo en algunos círculos la persistente idea de que existe algo “un tanto turbio”, algo absurdo, en toda la concepción de la probabilidad inversa».[5.4] A menos que el propio interesado declarara explícitamente lo contrario, se suponía que todo estadístico era seguidor del frecuentismo.
La comunidad bayesiana era muy reducida y se hallaba aislada, y además sus publicaciones resultaban prácticamente invisibles. Los estudiosos del ámbito estadístico seguían ignorando los trabajos teóricos que Frank Ramsey, Harold Jeffreys y Bruno de Finetti habían efectuado antes de la guerra. Casi todos los artículos publicados en los Annals of Mathematical Statistics guardaban relación con un conjunto de cuestiones encuadradas en los trabajos frecuentistas que había efectuado Jerzy Neyman a partir de la década de 1930. Dadas las investigaciones genéticas de Ronald Fisher y la enérgica postura antibayesiana de un estadístico de la Universidad Estatal de Iowa llamado Oscar Kempthorne, los estudios agrícolas que se realizaban en la mayoría de las instituciones dedicadas a la concesión de tierras estarían basados en técnicas de índole frecuentista. Al pronunciarse Gertrude Cox —que en el año 1956 era la presidenta de la Sociedad Estadística Estadounidense— sobre el futuro de la estadística, apenas mencionaría la existencia del teorema de Bayes. Habría que esperar hasta el año 1963 para ver aparecer el primer artículo de consecuencias prácticas en el que viniera a indicarse fehacientemente a los científicos la forma de utilizar el análisis bayesiano.
En el año 1950, ni siquiera los investigadores civiles del ejército estaban bien informados acerca del teorema de Bayes. En una ocasión, un economista que se hallaba enfrascado en la elaboración de un presupuesto prospectivo para la Fuerza Aérea de los Estados Unidos y que trabajaba para la Corporación RAND, un laboratorio de ideas californiano, aprovechó la estancia temporal del estadístico David Blackwell en sus instalaciones para preguntarle cuál sería la mejor forma de establecer estimativamente la probabilidad de que estallara una gran guerra en el plazo de cinco años. Blackwell, que todavía no se había convertido al bayesianismo, le respondió: «Bueno, sucede sencillamente que la pregunta carece de sentido. La probabilidad se aplica a una larga serie de acontecimientos repetibles, y lo que usted señala constituye claramente una situación única. La probabilidad puede ser de cero o de uno, pero tendremos que esperar cinco años para saberlo». El economista asintió con la cabeza y replicó: «Ya me temía yo que fuera a decirme eso. He hablado ya con otros estadísticos y todos me han contestado lo mismo».[5.5]
El teórico bayesiano Dennis V. Lindley zanjaría el asunto con estas palabras: «El advenedizo movimiento bayesiano está siendo contenido, y en gran medida gracias a que se lo ignora».[5.6] Y otro estadístico dirá, refiriéndose al pasado: «Muchos de nosotros pensábamos que [Bayes] estaba muerto y enterrado».[5.7]