Sigue este sentido de la palabra filosofía a través de la Edad Media; pero ya al principio de ésta, se desprende de ese «totum revolutum» que es la filosofía entonces, una serie de investigaciones, de disquisiciones, de pensamientos, que se separan del tronco de la filosofía y constituyen una disciplina aparte. Son todos los pensamientos, todos los conocimientos que tenemos acerca de Dios, ya sea obtenidos por la luz natural, ya sea recibidos por divina revelación. Los conocimientos nuestros acerca de Dios, cualquiera que sea su origen, se separan del resto de los conocimientos y constituyen entonces la teología. Puede decirse así, que el saber humano durante la Edad Media se dividió en dos grandes sectores: teología y filosofía. La teología son los conocimientos acerca de Dios y filosofía los conocimientos humanos acerca de las cosas de la Naturaleza. Sigue en esta situación, designando la palabra filosofía a todo conocimiento, salvo el de Dios. Y fue así hasta muy entrado el siglo XVII. Y todavía hoy existen en el mundo algunos residuos de ese sentido totalitario de la palabra filosofía. Por ejemplo en el siglo XVII, el libro en que Isaac Newton expone la teoría de la gravitación universal, que es un libro de física, diríamos hoy, lleva por título «Philosophiae naturalis principia mathematica», o sea Principios matemáticos de la filosofía natural. Es decir, que en tiempos de Newton, la palabra filosofía significaba todavía lo mismo que en tiempos de la Edad Media o en tiempo de Aristóteles: la ciencia total de las cosas. Pero aun hoy día hay un país, que es Alemania, donde las facultades universitarias son las siguientes: la Facultad de Derecho, Facultad de Medicina, la Facultad de Teología y la Facultad de Filosofía. ¿Qué se estudia, entonces, bajo el nombre de Facultad de Filosofía? Todo lo que no es ni derecho, ni medicina, ni teología, o sea todo el saber humano en general. En una misma Facultad se estudia, pues, en Alemania, la química, la física, las matemáticas, la ética, la psicología, la metafísica, la ontología. De suerte que todavía aquí queda un residuo del viejo sentido de la palabra filosofía en la distribución de las facultades alemanas.