Las acusaciones contra los templarios parecían más el fruto de la fantasía del rey de Francia que otra cosa, pero el apoyo de la Inquisición y el papa cambiaron la situación. Al principio algunos reinos fueron reacios a perseguir a los templarios, entre ellos Portugal, Castilla, Escocia e Inglaterra, pero pronto las presiones del papa irían aislando a los templarios.

Los templarios ingleses fueron encerrados en la Torre de Londres, el castillo de York, Lincoln y Canterbury, algunos lograron refugiarse en Escocia, uno de los pocos sitios donde podían actuar con cierta libertad.

En 1309, dos años después del arresto de los primeros miembros de la orden, los templarios de Escocia seguían en libertad. El rey Eduardo ordenó la detención de todos ellos, pero en aquel momento la mayor parte de Escocia estaba en manos de Robert Bruce y las órdenes no fueron obedecidas.

El tal Bruce también es un personaje curioso. Bruce había sido excomulgado por el papa, por lo que no tenía nada que perder si ayudaba a los templarios; al fin y al cabo, un cuerpo militar de élite le podía ayudar a consolidar su poder. Se cree que templarios de otras partes llegaron a Escocia a refugiarse. Esto hizo sospechar a algunos historiadores que los templarios podían haber sacado su tesoro en barcos desde Francia a Escocia. Los templarios tenían en aquel momento una de las flotas más importantes de la cristiandad. La flota había sido usada para transportar peregrinos, mercancías y llevar a cabo las transacciones económicas de la orden. Algunos piensan que los templarios habrían sido mejor acogidos en Mallorca, donde controlaban el puerto y el pueblo de Pollensa, otros creen que la flota se habría refugiado en el norte de África, lo cierto es que no hay referencias claras del lugar al que los templarios huyeron.

La única ruta que parece factible es la escocesa a través del estrecho de Jura, una de las pocas zonas que no controlaba la flota inglesa. Otra de las pruebas serían las numerosas ciudades de Escocia que llevan el nombre «temple» señal de que habían pertenecido a dicha orden.

¿Qué sucedió con su fabuloso tesoro? Karl von Hund, el masón que creó el rito de la estricta observancia, rito que pretendía enraizar directamente con los templarios, afirmaba que siete caballeros lograron escapar de Francia, primero dirigiéndose a Irlanda y después a Escocia. La narración tiene numerosas incongruencias, pero es cierto que se han hallado algunos restos templarios en Mull, el sitio que Hund describe como el refugio de la orden.

Lo que nunca se confirmó fue si los templarios lograron salvar su tesoro, entre el que había numerosas reliquias de gran valor.