La dieta que hemos descrito era terriblemente deficitaria en vitaminas y sobreabundante en féculas. Su consumo continuado por marinos que pasaban la mayor parte del año embarcados provocaba diversas enfermedades carenciales que los médicos de la época atribuían al aire viciado y a la humedad del medio y, dado su carácter generalizado, tenían por infecciosas. La dolencia más común era el escorbuto, causado por una deficiencia de vitamina C. El escorbuto se manifiesta en la palidez de la piel, en los ojos hundidos, en las frecuentes diarreas, en el debilitamiento general y en la pérdida de dientes por reblandecimiento de las encías. En los casos extremos se abrían heridas ya cicatrizadas y el enfermo moría. Otra enfermedad igualmente terrible era el beriberi, que los portugueses llamaban «mal de loanda» y los españoles, «peste de la naos».
Sólo a mediados del siglo XVIII se determinó, empíricamente, que estos males eran causados por la alimentación deficitaria en frutas y vegetales frescos. Desde entonces los ingleses, y muy pronto el resto de los marinos, comenzaron a embarcar en sus navíos garrafas de jugo de limón, a menudo clarificado y mezclado con aguardiente. Cada tripulante debía tomar obligatoriamente una cucharada diaria.