Cuando Gogol concluyó la primera parte, se dio cuenta de que no había retratado en su obra más que un aspecto de Rusia, de que sólo aparecía en ella el aspecto negativo. Vio que lo único que había retratado eran «almas muertas», cadáveres, y pensó en resucitar esos cadáveres, en hacer que tomaran conciencia de su vulgaridad y nacieran de nuevo. Todos eran tipos negativos inmersos en un panorama de tal suciedad moral, entre tales miserias y angustias, que a pesar de haber «suavizado» la obra, a pesar de los fragmentos líricos y de presentarlo todo como una caricatura, Gogol vio que de este modo había presentado involuntariamente un cuadro tendencioso de la realidad. Esa primera parte resultaba ser una violenta requisitoria contra la inmoralidad y la corrupción de la vida social rusa.
A medida que avanzaba en su obra, Gogol veía cada vez más claro, y decidió que el primer volumen sería, según decía él, como el vestíbulo de ese enorme palacio que tenía intención de edificar y que veía ya en su imaginación. Pero él había concebido una idea distinta de lo que reclamaba su público. Éste quería que se continuara la obra, pero del mismo modo que la primera, como una caricatura, y Gogol no podía hacerlo. Gogol tomaba en serio su obra, y se resistía a valerse en adelante de su vena cómica. Vio que Almas muertas era como la historia de él mismo, él, que en cierto aspecto era también un «alma muerta». Por ello pensó que para proseguir la obra por el camino que quería, era preciso antes conocerse a sí mismo, perfeccionarse, y por ello también, tras haberse publicado la primera parte, quiso enterarse de cuáles habían sido las reacciones de su público, de lo que decían los críticos, porque esto le ayudaría a conocerse y al mismo tiempo a conocer mejor el estado de las almas rusas. Se halla entonces convencido de cuál es su misión; cree que el arte debe reconciliar a los hombres con la realidad, y para esto le es preciso resucitar a sus muertos, aunque antes debe resucitar él mismo. Gogol en esta época está imbuido de ideas religiosas; esa obsesión que le persiguió toda su vida se hace ahora más fuerte, se dan en él frecuentes crisis morales. Está convencido de que su obra está destinada a regenerar a Rusia, y en adelante es esa idea la que le domina al proseguirla. Pero en Gogol ha existido siempre un enfrentamiento entre el hombre y el artista, cree que su impotencia artística está originada por su imperfección moral. De ahí que para llevar a cabo la segunda parte de Las aventuras de Chichikov, en la que va a hacer resucitar a los muertos, en la que éstos podrán llegar a la virtud, es necesario que él mismo se perfeccione; si él no es mejor, no podrá hablar de un hombre virtuoso.
Gogol aparece totalmente dominado por las ideas religiosas, por su lucha interior, por sus ansias de perfección. Es uno de los escritores rusos, como más tarde Dostoievski, que al fin cree haber llegado a la posesión de la verdad, y en consecuencia su deber es transmitir esa verdad; esto es lo que se propone en Almas muertas; cree que cuando una obra de arte logra cierta perfección, esto la posibilita para ejercer una acción moral y enseñar a los hombres verdades eternas. Así, pues, inicia la segunda parte cuando aún no ha concluido la primera (en 1840); en ella estudiará caracteres más profundos, en ella intervendrán todas las clases sociales. Si hasta entonces sólo había retratado lo malo de Rusia, en adelante pintará también lo bueno; en Rusia, como en otros países o incluso quizá más, según él, hay muchos seres generosos y nobles, no sólo miserables y gentes mediocres. Si hasta entonces en su obra aparecía únicamente la mediocridad, ahora deberá pintar al hombre en sus más diversas facetas, mostrándole en toda su diversidad; no sólo al hombre generoso, sino al hombre que renace, por vil y bajo que sea; todo ser humano, toda «alma muerta», todo cadáver es capaz de resucitar.
Pero Gogol no consigue llevar a cabo su empresa; a pesar de su convicción de que perfeccionándose él mismo podía llegar a la perfección artística, cada vez le es más difícil al artista hacerse obedecer; de sus manos surgen personajes que resultan cómicos, aunque se haya propuesto lo contrario; la virtud de esos personajes (como el terrateniente Kostanzhoglo, el contratista Murazov o el gobernador) no inspira más que disgusto. Se ve en ellos claramente que el escritor funda la prosperidad material del ser humano en su perfeccionamiento interior. Al darse cuenta el autor de la debilidad de esos bosquejos, quema el manuscrito de la segunda parte[1], en 1843, y más tarde, en 1845, lo vuelve a quemar, descontento de su trabajo. Ve que para resucitar es necesario antes morir, y en 1846 emprende de nuevo otra segunda parte, pero concebida de un modo distinto; piensa dotar a su obra de tres partes, a semejanza de La divina comedia de Dante; la primera habría sido como el Infierno, en ella había presentado todo lo malo de Rusia, y sus habitantes, esos seres que sin darse cuenta se debaten entre las garras del diablo; la segunda representaría el Purgatorio, sería el tránsito hacia la purificación de los personajes, mostraría su arrepentimiento y sus sufrimientos en la expiación de sus culpas; y la tercera, en suma, equivaldría a la Gloria, y en ella aparecería el hombre ya resucitado, el hombre auténticamente vivo. Sin embargo, aquí también fracasó en sus intenciones; presentó almas virtuosas, sí, pero que todavía seguían «muertas»; no vio que para resucitar no basta convertirse en un ser virtuoso y bueno; sus héroes permanecían aquí tan muertos, tan vulgares como en la primera parte. Pero Gogol no lo advirtió.
Cada vez más preocupado y más sumergido en sus inquietudes religiosas, frecuenta el trato con un sacerdote que intenta convencerle de que la literatura sólo es obra del diablo; el escritor no le cree, por el contrario, piensa que con ella se puede hacer mucho bien. Pero llega un momento en que se deja arrastrar por la convicción del sacerdote, y un día, al levantarse, ordena a su criado que arroje el manuscrito al fuego. Inmediatamente manda llamar al conde Tolstoi, y le dice: «¡Ved lo que he hecho! ¡Qué poderoso es el diablo! ¡He aquí a qué me ha empujado!». Tolstoi intenta consolarle, pero para Gogol ya no hay remedio; destruida su obra, se consume lentamente y a los pocos días muere. Según el testimonio de los que leyeron aquella segunda parte, era una obra admirable.