Esta región fue la elegida para ser el centro del Imperio mongol, el lazo de unión entre las tres civilizaciones. La unión de los mongoles bajo el mando de Timur, nieto de Kubilai, dio a Tschagatai gran importancia durante algún tiempo. Pero los jefes semiindependientes de las tribus de Tschagatai preferían el beneficio seguro de sus asaltos a las caravanas a la problemática ganancia de un tráfico regular a través de sus dominios y, en vez de ser un lazo de unión entre los distintos reinos, Tschagatai, presa fácil de continuas guerras civiles, llegó a ser el obstáculo más grande de la unidad mongola.
Tschagatai no era un reino unido. Estaba formado por dos partes: Turkestán y la región que se extiende ante el Amu-Daria y el Sir-Daria, llamada Transoxiana, que, en su origen, había pertenecido al reino de Choresm. Ambas eran bastante diferentes, y se separaron en 1320, después de que una treintena de kanes las mantuvieran unidas durante breves reinados.
Los kanes de Turkestán, escaso en ciudades, siguieron siendo jefes en la estepa y, como en los tiempos anteriores a Gengis Kan, estaban en constante lucha. Uno de ellos adoptó el islamismo y empezó la persecución de los cristianos; otro siguió fiel a la religión de sus antepasados, el chamanismo, y oprimía a los muslimes. Ambos buscaban siempre el momento oportuno para ampliar su poderío y, cuando se lo permitía alguna ventaja en sus luchas internas, atacaban a los reinos vecinos. Entre éstos imperaba la vida libre de las estepas, con su eterna incertidumbre y su migración incesante.
El carácter de Transoxiana era completamente distinto. Mucho más poblada, industrial y con abundantes ciudades en las que imperaba el mahometismo, sus kanes se convirtieron en juguetes en manos del emir, como los ilkanes de Asia anterior. Situada entre el Reino de los ilkanes y Turkestán, tenía, en lo referente a la cultura, un doble carácter, tanto espiritual como comercial, y precisamente de este equilibrio en su cultura y geografía nace, a mediados del siglo XIV, el reino de Timur, conocido con el nombre de reino de Tamerlán.